参考基因组序列下载和转录组数据过滤
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发布时间：2024-10-16 11:55
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在Tomato的网页上，你可以找到最新的参考基因组序列和注释文件，如SL 4.0和ITAG4.0，还有JBrowse工具链接。点击链接即可下载fa和gtf或gff格式的注释文件。除了官方网站，你也可以在NCBI（国家生物技术信息中心）下载基因组文件。只需搜索"Geneome"，进入相应作物的页面后，选择下载链接，你可以选择直接复制...
转录组上游全流程-批量文件数据质控与过滤阶段，通过质量评估，确保原始数据的可靠性。对数据进行过滤，使用trim_galore和fastp等工具进行单端或双端测序数据的质量控制。这一环节旨在去除低质量读段，提高数据的纯净度和分析准确性。参考基因组下载与准备阶段，虽然这里省略了详细的步骤描述，但在常规转录组分析中，这一步骤至关重要。
转录组全流程-单个文件示例使用trim_galore与fastp工具进行过滤，结果如下 下载参考基因组 访问Ensembl网站获取物种信息，建立参考基因组目录，下载基因组序列（fa格式）与转录组序列（fa格式），以及基因注释文件（gtf/gff3格式）完成数据下载后解压 进行数据对比与定量分析 使用Hisat2建立索引，对比文件夹中进行比对，使用samtools工具...
RNA-seq分析入门流程后续用fastp进行数据处理：`fastp -i SRR6502085.fastq -o SRR6502085.clean.fastq`。三、参考基因组准备下载和准备参考基因组，安装gffread后，进行gff3到gtf的转换：`gffread IRGSP-1.0_genome.gff -T -o IRGSP-1.0_genome.gtf`。四、转录组比对与表达估计使用hisat2构建索引，进行比对和文件转换...
转录组测序比对到参考基因组与参考基因有何区别转录组测序是RNA水平测序，相当于DNA水平的基因组测序，是一个框架。表达谱主要研究的是基因表达量的变化，上调或下降。先要有转录组或是基因组才可以做表达谱，否则没有Ref做参考。 转录组测序和表达谱其实都是通过高通量测序技术进行的，转录组测序主要是针对没有参考基因组（即基因组未完成测序）的...
RNA-seq转录组数据分析丨一套完整的案例流程检查一个PR1.summary文件，可看到过滤前后的reads数量对比，便于评估过滤效果。比对到参考基因组 使用hisat2软件进行序列比对，需先构建参考基因组的索引文件。下载或复制参考基因组序列及注释文件，然后执行hisat2-build命令。完成比对后，会在当前目录下生成多个SAM格式文件，后续通过samtools转换为bam文件以...
怎么从转录组数据中筛调控萜类的转录因子上调或下降。先要有转录组或是基因组才可以做表达谱，否则没有Ref做参考。转录组测序和表达谱测序其实都是通过高通量测序技术进行的，转录组测序主要是针对没有参考基因组（即基因组未完成测序）的物种，侧重于获得你材料的全部转录组信息；而表达谱则侧重于检测各个基因的表达量。
一个转录组上游分析流程 | Hisat2-Stringtie一、写在前面 今天分享一个转录组上游分析的流程（Hisat2-Stringtie-Count），此流程的操作依旧是非常简单的。我们的流程主要使用软件的安装、数据下载、过滤、比对、Count、Count To FPKM等流程。二、软件的安装 1. Conda软件安装 conda是常用的软件安装和管理软件，操作简单、便捷。2. 下载对应的版本 ...
转录组数据处理具体步骤包括：1）通过bioproject数据号码获取SRA编号并下载数据；2）利用SRA Toolkit的prefetch和fastq-dump工具下载和转换数据，注意区分单端和双端测序；3）使用FastQC评估数据质量，进行适配器修剪、质量修剪和序列过滤；4）使用Flash合并双端数据；5）进行基因组比对，使用HISAT2工具；6）利用featureCounts...
关于人类参考基因组及注释文件,一篇就够了只要在同一网站上下载的对应序列文件和注释文件，用于参考基因组及注释文件都没有问题。一、在GENCODE中下载：1. 点击下载基因组注释文件：2. 我选择第一行中的GTF/GFF3 3. 点击下载参考基因组：4. 下载完成后，使用gunzip命令进行解压。解压后的三个文件：5. 下面分别是GTF和GFF3解压后的内容：6....
