高速下载GEO数据库的单细胞表达量矩阵文件

发布网友发布时间：2024-10-19 18:47

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热心网友时间：2024-12-01 23:44

通常情况下，GEO数据库中的文件无需高速下载，因为其存储的信息，如表达量矩阵等，文件体积相对较小，即便网络速度较慢，通过浏览器下载也能顺利完成。

然而，若需下载大量文件，如成百上千个，建议使用代码进行批量下载。随着单细胞技术的普及，表达量矩阵文件体积也变得相当大，例如：ncbi.nlm.nih.gov/geo/qu... ，可看到文件大小达到9.3 Gb：

若以常规速度下载，可能需要两三天时间：

借助aspera的高速下载：

首先自行参考：使用ebi数据库直接下载fastq测序数据，配置好aspera软件，然后仔细阅读GEO数据库的官方文档。

构建的命令如下所示：

下载速度非常感人：

全部的Linux命令：

首先是安装自己的conda，在自己的服务器中自行下载并安装，自己进行配置：

首先，如果在中国大陆，需要设置好镜像：

然后，可以使用自己的conda来安装aspera软件。本来是让大家自行参考：使用ebi数据库直接下载fastq测序数据，配置好aspera软件。

上面的代码是基于Linux操作系统的，如果大家一定要在自己的Windows或Mac电脑上处理，只需简单替换关键参数即可。