GEO 数据介绍及在线下载
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发布时间：2024-10-19 18:47
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GEO数据库的数据可以直接在线下载。数据包括四个概念和四个存放类型：GSE（Series）数据集、GSM（Samples）样本、GPL（GEO platforms）芯片平台以及GDS（Datasets）。一篇文章可以包含一个或多个GSE数据集，一个GSE数据集中可以包含一个或多个GSM样本。每个数据集对应一个芯片平台。GSE编号是提交时生成的原始...
手把手教你从GEO下载原始数据和接头序列首先，GEO数据类型包括GPL芯片平台、GSM样本ID、GSE研究ID和GDS数据集ID。通常引用的是GSE研究ID。在GEO官网（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/），通过GSE ID搜索，你可以找到相应数据。如果需要的是标准化数据，可以直接在Supplementary file的ftp或http链接中下载。如果需求是原始数据，需点击Relation...
如何从GEO数据库下载数据下载基因表达数据集的步骤如下：首先进入GEO数据库首页，选择Datasets子数据库进行检索。输入关键词，如“lung cancer or LCA”，并进行筛选，选择数据集类型为“Series”，数据类型为“基因表达谱”，以及物种来源为“人类”。完成筛选后，根据研究标题、概述、平台注释、样本数量及数据集ID进行进一步筛选，...
如何快速下载GEO数据库里的GSE数据要自动化下载过程，可以编写bash脚本，比如名为download.sh的脚本，只需输入相应的GSE ID作为参数。例如，对于GSE15701，可以使用wget命令的递归选项下载所有相关文件。脚本示例如下：bash !/bin/bash 在这里输入GSE ID GSE_ID=$1 使用wget下载GEO数据 wget -r ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/serie...
GEO数据库的搜索下载数据技巧访问GEO有两条主要路径：一是通过GSE编号，直接在ncbi.nlm.nih.gov/geo输入编号，详情可参考omicsclass.com/article/...；二是通过NCBI主页，搜索“GEO DataSets”，或者按基因表达量查找GEO Profiles，通过样品类型、实验处理和平台信息筛选数据。在搜索过程中，理解界面元素至关重要。GEO界面与PubMed类似...
单细胞公共数据集怎么下载?数据下载 以下内容将从GEO数据库下载单细胞数据为例进行说明，主要关注数据的储存格式与下载方法。首先，进入GEO数据库，网址为"GEO NCBI"，然后根据研究方向和需求输入检索词，例如“tumor scRNA”。检索后进入数据下载页面。GEO的scRNA数据有多种储存格式。以下将介绍常见的三种格式。第一种格式以“Lipid ...
GEO数据库基本信息GEO数据库，作为全球基因表达数据的权威存储库，由NCBI创建并维护，网址为ncbi.nlm.nih.gov/geo。它收录了来自全球科研人员的多种高通量基因表达数据，包括微阵列芯片、二代测序等，所有数据均可以免费获取。GEO的数据组织结构清晰，分为两个子数据库：GEO DataSets以实验数据集为单位，记录一个实验的所有...
GEO、TCGA&ICGC测序数据下载?在科研工作中，我们常常能利用现有的开源高通量数据来达到研究目标。今天，就为大家介绍三种获取测序数据的便捷途径：GEO、TCGA和ICGC。GEO是NCBI下属的数据库，收纳全球研究者上传的芯片和测序数据。GEO数据有五种组织形式：GPL、GSM、GSE、GDS和GEO profiles，其中GPL、GSM和GSE是原始数据，GDS和profiles则...
【GIS数据获取教程】道路矢量数据下载教程全国公众版基础地理数据是地理信息专业知识服务系统提供的部分地区1:25万的道路数据。访问网址：kmap.ckcest.cn，选择全国DLG数据并下载所需地区的2015年道路数据。注意，数据库不包含所有地区的道路数据。获取路径为：geodata.pku.edu.cn...GRIP全球道路数据集由荷兰的GLOBIO团队制作，适用于全球环境和生物...
GEO 数据上传指南在完成账号注册和个人信息填写后，即可开始上传数据。访问NCBI网站，点击“Submit”图标跳转至“Submission Portal”，选择GEO链接并进入。在GEO主页选择所需上传的数据类型，如高通量测序数据，点击相应选项。准备上传文件 需要上传三类文件：元数据表格、处理过的数据和原始数据。(1) 元数据表格 下载并填写“...
