基于TCGA+GEO数据库的癌症关键基因鉴定与验证(二)数据下载与预处理

1. 首先，我们从官网下载了三个文件：基因表达矩阵《TCGA.COADREAD.sampleMap_HiSeqV2.gz》，包含20,531个基因和434个样本的log2(norm_count+1)处理数据；临床表型数据《TCGA.COADREAD.sampleMap_COADREAD_clinicalMatrix》，包含736个样本的性别、年龄、体重等124列信息；以及生存情况数据《survival_CO...

代谢基因预后模型在生物信息学研究中的应用越来越广泛，尤其在癌症预后预测方面展现出强大的潜力。近期，生信自学网的学员普遍关注如何进行数据库之间的相互验证，特别是在使用TCGA和GEO数据库时。学员们面临的主要挑战包括从GEO数据库获取临床数据、将TCGA的风险模型公式应用于GEO数据库，以及处理TCGA和GEO数...

TCGA数据库，由美国国家癌症研究所和国家人类基因组研究所于2006年共同启动，致力于探索36种癌症类型的分子机制，利用大规模测序等先进技术。访问TCGA官网以获取相关资源。TCGA涵盖多种癌症类型，从这一项目中我们能深入理解癌症的分子生物学特性。通过R语言，TCGA数据下载操作简便，例如stad.gdc_2022.rda数据...

TCGA，即癌症基因组图谱计划，提供大量癌症样本数据，如基因组、表观基因组等，对癌症研究和治疗有重大贡献。从官网下载TCGA数据，可通过网页界面或gdc-client工具，包括直接搜索下载和工具下载两种方式。ICGC，国际肿瘤基因组协会，目标是全球协作研究，收集和分析肿瘤基因组数据。原始数据下载有限，主要在Data...

利用TCGA和GEO等数据库的大量数据，方跃军团队从GEO数据库获取了结肠癌患者癌组织的表达数据，通过生物信息学分析，他们发现了与CRC预后相关的302个基因差异表达。这些差异在晚期和早期患者之间显著，主要集中在细胞外基质、跨膜受体信号通路和细胞增殖等生物途径。经过多变量Cox回归，最终确定了9个关键基因—...

TCGA和GEO是最著名的两大公共数据库，其中TCGA主要存储高通量（二代测序）数据的肿瘤样本数据，而GEO数据库全称是Gene Expression Omnibus database，是由美国NCBI创建并维护的基因表达数据库，论文中涉及的基因表达检测数据几乎都提交到了这个数据库。然而，GEO数据挖掘并非易事，由于芯片平台不同，需要进行...

1. 数据下载（针对GEO数据库中的数据分析）转录组数据通常保存在NCBI的GEO数据库或TCGA数据库中。以下是GEO数据库中的数据下载方法。例如，研究某种疾病时，我们需要找出数据的独特之处，如样本量、数据新颖性等。2. 数据分析 常用的数据分析软件有GEO2R和limma。NCBI数据库中的GEO2R软件可直接在线分析...

相较于TCGA这类主要存储高通量测序数据的肿瘤数据库，GEO的数据处理更为复杂。由于芯片平台差异，需要进行ID转换、数据标准化和去批次效应等步骤。不过，临床生信之家近日推出了中文版GEO数据库，这一改变简化了数据挖掘过程。使用临床生信之家，无需编程基础，只需简单操作，即可完成数据预处理和分析，包括...

首先，综合性肿瘤数据库包括：TCGA（cancergenome.nih.gov/），曾有我们GCBI知识库的教程视频，涵盖了数据下载、整合和应用，详情可通过留言获取链接。COSMIC（cancer.sanger.ac.uk/cos...），是全球最大的肿瘤体细胞突变资源，提供基因组变异、表达等信息。UCSC Cancer Genomics Browser（genome.ucsc.edu/...

从基础开始，理解基因表达：深入剖析RNA 1.0（GEORNA）和基于GEO的差异表达基因分析（limma）进阶至更复杂的研究，如：TCGA项目中的差异表达分析，包括DESeq2、edgeR等通过MA图和火山图呈现差异基因表达，清晰展示数据变化掌握主成分分析（PCA）和热图，解析基因表达的复杂模式理解基因表达的生物学含义，通过...