QIIME中做16srDNA测序数据分析out_tablleBMP.biom文件如何生成？
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发布时间：2022-05-24 16:08
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时间：2023-10-20 03:39
1. 在Linux系统中（或虚拟系统）通过cd命令进入文件夹（路径）；
2. 用FLASH工具：flash subsample_r1.fq subsample_r2.fq -m 200 -M 280 -o merged
3.提取barcode： extract_barcodes.py -f joined.extendedFrags.fastq -c barcode_single_end --bc1_len 6 -o processed_seqs
4. 割库：split_libraries.py -m mapping.txt -b 10 -l 250 -f merged.extendedFrags.fastq_fasta -o split_library_out
5. OTU分类：pick_otus.py -i split_library_out/chimera_filtered_seqs.fna -o picked_otus/
到这里就可以得到biom文件了
6. 得到分类信息：biom summarize-table -i sorted_otu_table.biom -o seqs_per_sample.txt
